西北安装公司承建一水泥厂机电工程，合同造价2400万元，其中主材料费和非标设备制安费占65%，工期为8个月。合同约定：
（1）工程用主材料和设备由甲方供货，其价款在当月发生的工程款中抵扣。
（2）甲方向乙方支付预付款为合同价的20%，并按起扣点发生月开始按比例在月结算工程款中抵扣。
（3）工程进度款按月结算。
（4）工程竣工验收交付使用后的保修金为合同价的5%，竣工结算月一次扣留。
水泥厂机电工程，按合同要求内容全部完工，在进行竣工验收的检查工作中，发现工程技术资料不完整、经整改通过验收。
该工程按合同规定项目全部完成，竣工验收合格后，进行竣工结算时还应考虑哪些费用应抵扣或扣留？
