资料：2008年2月，A公司(国有企业)按照财政部门要求，决定在公司系统全面开展《会计法》执行情况检查。4月初，公司派出检查组对设在外省的A公司的销售分公司B公司(以下简称B公司)进行检查，发现A公司存在多头开户、私设“小金库”等问题。正当检查组准备对有关问题进行深入检查时，A公司接到有关部门通报，A公司财会部经理许亮、B公司经理赵强、副经理张志刚携巨款潜逃国外。A公司立即向公安机关报案，同时决定对B公司几年来的经营管理和财务会计工作情况进行全面检查。经过6个多月的检查，一桩作案多年、涉案金额高达近2000万元的资金盗用案被揭开了面纱。
经查，许亮等人的主要作案手段和有关情形如下：
2005年，许亮被任命为8公司经理，赵强担任B公司副经理，张志刚任会计兼出纳。当时，A公司出于开拓市场扩大经营规模等考虑，授予B公司产品销售定价自主权和对外投资自主权。由于尚未建立销售网络计算机控制系统，对各销售分公司的销售情况，A公司每月手工统计汇总一次，并要求各销售分公司每月末将当月销售款集中汇缴A公司账户，确认销售收入。许亮等人利用A公司授予的销售定价权，采用高价销售低价向A公司汇总报账的手法截留销货款形成“小金库”，并利用销售货款上缴的时间差，挪用销售货款由赵强负责炒股，非法所得也流入“小金库”。然后，由会计兼出纳的张志刚将“小金库”款项源源不断地汇往境外许亮等人控制的账户。
2006年，许亮调任A公司财会部经理，赵强接任B公司经理，张志刚副经理仍兼任会计和出纳工作。此后的几年间，许亮、赵强、张志刚三人继续采用上述手法大肆作案，直到2008年4月A公司检查组进驻。
案发后，A公司对此案高度重视，针对此案暴露出的分公司权力过大及内部控制方面存在的缺陷等问题，A公司董事会作出以下决定：
第一，建立健全公司的内部控制制度，由总经理组织制定与实施，今后如果内部控制方面再出现问题，应由总经理承担全部责任。
第二，加强对外投资的控制，收回各分公司的对外投资权，公司所有的投资均由A公司董事长审批。
第三，加强财务管理，会计和出纳人员分设，出纳人员不得兼任账目登记工作，A公司的银行预留印鉴等一律由总会计师统一保管。
第四，加强销售与收款的控制，所有的销售业务(包括制定销售价格、签订销售合同、组织货物发运、结算销售货款等)均由A公司销售部统一负责，各销售分公司仅负责市场宣传推广、协助收取货款。
第五，加强计算机系统建设和内部审计工作，实现销售网点计算机控制，由A公司财会部每年组织对本公司及下属分、子公司内部控制制度执行情况和会计资料进行审计。
根据以上材料，回答下列问题：
针对A公司发生的案件，分析其内部控制方面的缺陷，并说明理由。
