2006年10月，甲公司与乙公司签订了一份涂料买卖合同，甲公司向乙公司购买优质涂料，共1000大桶，每桶1000元，共计价款人民币100万元。因甲公司资金周转暂时有困难，甲乙在合同中约定：甲公司以其一套价值约为150万元的机器抵押给乙公司以担保其货款的支付；办理抵押登记后，乙公司于半个月内发货，乙公司交付的涂料的质量应当与其在订立合同之前交给甲公司的样品(一桶涂料)的质量相同；货到甲公司交付后，甲公司取得货物的所有权，甲公司在收到货物后3个月内支付全部价款。2006年11月，甲乙办理了抵押权登记。2006年12月5日，甲公司收到乙公司按照约定的期限交付的1000桶涂料，经甲公司检验发现，乙公司交付的涂料中有 100桶的质量低于样品的质量。2006年12月2日，甲公司向丙银行借款60万元，借期3个月，丙银行要求甲公司提供担保，甲公司于是将其抵押给乙公司的这套机器又质押给了丙银行，并将这套机器交付丙银行占有。2007年4月1日，甲公司仍然未向乙公司支付货款，乙公司欲行使对抵押机器的抵押权，甲公司则要求乙公司承担因交付的货物质量不完全符合合同约定所应承担的违约责任。与此同时，丙银行又向甲公司主张偿还贷款，甲无力偿还，丙也欲行使其对甲的这套机器的质押权。甲、乙、丙三方争执不下。请回答下面问题。
若乙公司与承运人某运输公司签订了货物运输合同，由该运输公司将该批货物运到甲公司，而这批货物在运输途中因遇百年不遇的洪水而全部灭失，则该损失应当由谁承担( )
A．甲公司
B．乙公司
C．运输公司
D．乙公司和运输公司
