【案例1】某大型综合利用水利枢纽工程，投资65480万元。其建设过程中的部分主要活动按发生时间顺序列举如下：1.按照有关审批权限规定，项目建议书于2001年2月10日经国家发展和改革委员会审批通过。2.于2001年3月正式成立项目法人。3.按照有关审批权限规定，项目可行性研究报告于2002年3月15日经国家发展和改革委员会审批通过。4.2002年4月5日，经项目法人研究决定直接委托设计单位。5.2002年4月10日组织施工用水、电、通信、路等工程招标，经项目法人研究决定采用议标形式。6.2002年8月6日组织导流洞施工招标，经项目法人研究决定采用邀请招标形式。7.按照有关审批权限规定，2002年10月10日，初步设计经水利部审批通过。8.项目主体工程大坝标、电站标、引水隧洞标、下游灌渠标于2002年12月20日通过公开招标签订施工合同，分别承包给承包人A、B、C、D。经项目法人研究决定，溢洪道闸门、启闭设备等于2002年12月30日直接委托生产厂家加工;水轮机、发电机、变压器等设备分别于2003年1月6日、9日、12日通过议标形式与国内厂家签订采购合同。9.2003年2月18日，通过公开招标委托一家监理单位并签订合同。10.A、B、C、D承包人分别于2003年2月10日、15日、18日、22日进场。11.监理人于2003年2月25日进场开展监理工作。12.为了改善水库运行方式，既保证水库安全又增加兴利效益，对原有溢洪道进行了设计修改。设计修改方案于2003年3月20日经项目法人组织设计单位、监理等单位以及权威专家举行专题会议论证通过，监理机构依据会议纪要于2003年3月21日签发变更指示，由承包人实施。13.下游灌渠标、引水隧洞标、大坝标、电站标分别于2004年3月20日、2004年3月30日、2004年4月1日、2004年4月20日通过完工并办理移交，2004年5月1日通过试运行，工程投入生产。14.该工程于2004年10月30日通过竣工验收，工程进入保修期。15.工程于2005年10月29日保修期终止后，及时正式成立工程管理单位，解散项目法人。【问题】
上述工程建设中的部分主要活动哪些地方违反了水利工程建设程序的有关规定请简要说明理由。
